Wologda liegt am rechten Ufer des gleichnamigen Flusses, einer alten Wasserstraße, die diese Stadt durch die Einzugsgebiete der Flüsse Sukhona und Sheksna mit Archangelsk verband.
Zum ersten Mal in historischen Quellen wurde die Stadt im 12. Jahrhundert erwähnt. Im 15. Jahrhundert wurde Wologda von Weliki Nowgorod regiert. Ab 1462 war Wologda zwanzig Jahre lang das Zentrum des Fürstentums Apanage, aber ab 1481 fiel es unter die Herrschaft des Moskauer Fürstentums, dessen Herrscher damals Iwan III. war.
1565 beschloss Iwan der Schreckliche, in Wologda seine zweite Opritschnina-Residenz zu errichten. Er wollte hier einen steinernen Kreml und eine Festung bauen. Tausende von Handwerkern und Bauern wurden nach Vologda getrieben, und der Bau wurde von dem englischen Ingenieur H. Locke geleitet. Im Plan war der Kreml ein Rechteck. Auf der Nordseite wurde es durch den Fluss Vologda geschützt und auf beiden Seiten wurde ein Wassergraben gegraben. Aber der Überfall des Krim-Khans im Jahr 1571 und die Pest, die in Wologda begann, zwangen Ivan IV., nach Moskau zurückzukehren. Mit dem Abgang des Königs wurde der Bau eingestellt.
Aufgrund des Fehlens ernsthafter Befestigungen litt Wologda 1612 stark unter dem Einmarsch der polnisch-litauischen Armee. Doch die Stadt wurde schnell wieder aufgebaut und übertraf sogar ihre frühere Größe. Am Ende des 17. Jahrhunderts bestand das historische Zentrum von Vologda aus vier Teilen: Stadt, Werchni-Posad, Nischni-Posad und Zaretschje. Zu Beginn des 18. Jahrhunderts schwächte sich die wirtschaftliche Position von Vologda jedoch durch die Gründung von St. Petersburg und die Entwicklung des Handels in der Ostsee etwas ab.
Im Jahr 1708 wurde Vologda in die Region Archangelsk eingegliedert. Aber bereits 1719 wurde die Stadt zum Zentrum der Wologda-Provinz und 1796 zum Zentrum der Vologda-Provinz, die bis 1929 bestand.
Im 19. Jahrhundert wurde die Stadt für viele Angehörige der Intelligenz zum Ort des politischen Exils. Im Jahr 1918 spielte Vologda für 5 Monate die Rolle der "diplomatischen Hauptstadt" Russlands. Nach dem Abschluss des Friedensvertrages von Brest zogen vorübergehend Botschaften und Vertretungen von 11 großen Staaten hierher, insbesondere die USA, Großbritannien, Frankreich, Japan, China, Brasilien usw.
Heute ist Wologda ein beliebtes Touristenzentrum, das sowohl von Russen als auch von ausländischen Touristen besucht wird.